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Parution du bulletin PREVIMER n°18
Administrator User <Jean.Francois.Le.RouxSPAMFILTER@ifremer.fr> -
19/03/2013
Espace projet>Outils R&D>ICHTHYOP

ICHTHYOP 3.1 : un outil lagrangien pour la modélisation de la dynamique de l'ichthyoplancton

Fabrice LECORNU <Fabrice.LecornuSPAMFILTER@ifremer.fr> -
Lundi 17 Mai 2010

Ichthyop : positions après un mois de dérive passive de 5000 particules vituelles lâchées à 120km au large de Brest en mer d'Iroise mi-mai 2010. La couleur des particules renseigne leur profondeur.

L'outil ICHTHYOP permet d'étudier comment les paramètres physiques (courants et température de l'eau) et les paramètres biologiques (flottabilité des œufs et croissance des larves) affectent la dynamique des œufs et larves de poissons. Il rassemble physiciens et biologistes autour d'un outil commun, facile d'utilisation. La modularité de l'outil lui confère un grand spectre d'applications qui va de la dérive lagrangienne simple à la conception de scenarii biologiques plus élaborés.

La troisième version de l'outil est devenue une véritable plate-forme lagrangienne. L'outil utilise la vitesse, température et salinité des résultats en 2 ou 3 dimensions générés par les modèles MARS (Model for Applications at Regional Scale), ROMS (Regional Oceanic Modelling System) ou OPA NEMO et laisse le champ libre pour connecter d'autres modèles hydrodynamiques.

Cette nouvelle version s'interface très facilement avec l'historique des résultats de modèles PREVIMER et les prévisions temps réel via le mécanisme OpenDAP (voir les conditions d'accès).

ICHTHYOP possède l'architecture d'un modèle individu centré, capable à chaque pas de temps, d'exécuter un certain nombre d'actions sur chaque particule.

Des actions qui concernent la position de l'individu : dérive due au courant, dispersion, migration verticale, flottabilité. D'autres actions qui affectent la nature de l'individu : croissance larvaire, sensibilité à l'eau froide, recrutement, etc. A nouveau, l'outil laisse le champ libre pour rajouter d'autres actions que celles proposées par défaut.

L'outil offre deux environnements de travail. Le premier est une interface graphique pour paramétrer et exécuter simplement les simulations et pour visualiser le transport des œufs et larves de poissons, soit en créant un GIF animé soit en exportant les trajectoires au format KMZ (Google Earth). Le deuxième fonctionne en mode batch et mettre ainsi l'accent sur la rapidité de calcul. Pour les deux environnements, les résultats des simulations (longitude, latitude, profondeur, taille des particules, etc.) sont stockés dans des fichiers NetCDF.

L'outil ICHTHYOP (version 2) est décrit en détail dans la publication suivante :

Téléchargement

L'outil a été développé en collaboration avec l'IRD qui assure sa distribution.

Le logiciel est écrit en Java et requiert l'environnent JRE (Java Runtime Environment). La distribution contient le code du programme, les librairies et des exemples élémentaires.

Pour télécharger la version 3.1 du logiciel ICHTHYOP (édition novembre 2012), cliquer ici

Voir les corrections et nouveautés de la version 3.1 :

Pour tout renseignement, écrire à info@previmer.org

Références

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Futures références

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  • Parada, C., Colas, F., Castro, L., Soto, S. Contribution of vertical migration to onshore transport of anchovy larvae (Engraulis ringens) in Central Chile upwelling ecosystem: Seasonal variability. Manuscript to Progress in Oceanography Special issue. (accepted).
  • Parada, C., Ernst, B., Hinckley, S., Orensanz, J.M. (Lobo), Armstrong, D., Curchitser, E., Hermann, A. Patterns of Connectivity and Potential Settlement Regions of Snow Crab (Chionoecetes opilio) Larvae in the Eastern Bering Sea. (accepted).
  • Ospina-Álvarez, A; Palomera, I., Parada, C. Changes in egg buoyancy through development and its effects on the vertical distribution of
    anchovy eggs. Manuscript to Fisheries Research (accepted).
  • Yannicelli, B., Castro, L., Parada, C., Colas, F., Schneider, W., Donoso, D., Distribution of Pleuroncodes monodon larvae over the continental shelf of south Central Chile: evidence for partial local retention and transport. Manuscript to Progress in Oceanography Special issue. (submitted).